Die Teile des Gehirns, die die Funktionen erfüllen, die Freud das „Es“ nannte, befinden sich hauptsächlich im ERTAS und im limbischen System, wohingegen die Teile, die die Funktionen erfüllen, die er dem „unterdrückten“ (oder „unbewussten“ System) zugeschrieben hat, hauptsächlich in den Basalganglien und im Kleinhirn liegen. Der Hypothalamus — Ein Teil des Gehirns, der sich neben dem Thalamus befindet und an vielen regulatorischen Funktionen wie der Osmoregulation und Thermoregulation beteiligt ist. Der Hypothalamus hat ein gewisses Maß an Kontrolle über die Hypophyse, einen anderen Teil des Gehirns, der sich neben ihm befindet, und steuert auch Schlafmuster, Essen und Trinken sowie Sprache. Der Hypothalamus ist auch für die Sekretion von ADH (antidiuretisches Hormon) über seine neurosekretorischen Zellen verantwortlich.
Die rechte Gehirnhälfte wird auch Unbewusstes genannt und dominiert in allen Aspekten der emotionalen Verarbeitung. Forscher des UC Davis Center for Mind and Brain haben herausgefunden, dass ein kleiner Bereich tief im Gehirn, der perirhinale Kortex genannt wird, für die Bildung unbewusster konzeptioneller Erinnerungen von entscheidender Bedeutung ist. Dieses Muster der beteiligten Gehirnregionen kann dazu führen, dass wir einige motorische Kontrollkrankheiten als Beeinträchtigung dieser automatischen und unbewussten Primärprozesse überdenken. Die Tatsache, dass einige Patienten glauben, nicht die Absicht zu haben, die von ihnen ausgeführte Handlung auszulösen, und umgekehrt, dass eine Gehirnstimulation einer Bewegung ein Willensgefühl hervorrufen kann oder dass das Gehirn eines Choreie-Patienten mit Huntington-Krankheit die unfreiwilligen Bewegungen manchmal als freiwillig interpretiert (Hallett, 200), liefern Beispiele, die die Ansicht einer unbewussten Verursachung von Handlungen stützen.
Das unbewusste Bewusstsein ist leichter zugänglich, während das limbische Unbewusste unzugänglicher, sehr primitiver und uralter Bereich ist, der in den Tiefen des innersten Teils des Gehirns vergraben ist und mit den biologischen Aspekten des Geistes in Verbindung steht. Der Hirnstamm ist der untere Teil des Gehirns, der mit dem Rückenmark verbunden ist und unbewusste Funktionen wie Atmung, Herzschlag, Verdauung und Temperaturkontrolle steuert.